盡管已采取了精細的預(yù)處理措施和優(yōu)化的膜系統(tǒng)設(shè)計，對MBR膜系統(tǒng)進行定期清洗仍然是必要的。MBR膜系統(tǒng)清洗裝置需要滿足以下條件:

1、清洗單元必須與每條處理線上的每個單元相連接(固定系統(tǒng)或易臨時連接的系統(tǒng))。

2、必須能在較低的壓力下（其目的不是滲透，而是掃洗膜）進行循環(huán)清洗。為了將膜恢復(fù)至初始狀態(tài)，要根據(jù)所知的可能成垢物質(zhì)（溶解沉淀物）或污堵物質(zhì)（分散泥餅）選擇清洗劑。主要的清洗藥劑包括酸（溶解氫氧化物、碳酸鹽)、整合物（氧化物-氫氧化物)、表面活性劑、分散劑(分散有機或無機污染物)、消毒劑(生物污染物)等。

幾乎在所有情況下,交替進行一段時間的浸泡和循環(huán)（粉碎并輸送出泥餅）的清洗效果最好。當出現(xiàn)嚴重污堵時，清洗會比較困難且費時較長，因為被堵塞的通道阻止清洗劑進入泥餅內(nèi)部。這可能需要將清洗時間從幾個小時（每種清洗劑2~4h）延長至幾天。另外，MBR膜元件污染問題越早發(fā)現(xiàn)那清洗就越容易。

需要注意的是，如MBR膜系統(tǒng)元件清洗不充分，大多數(shù)情況下必須盡快重新進行清洗，因為膜表面的殘留物會引發(fā)阻礙膜表面錯流流動的結(jié)晶，甚至使微生物重新開始繁殖（膜表面上的胞外聚合物尚未被剝離)。

至少對于較大的系統(tǒng)，對一個或更多膜元件進行解剖分析[或是第一級的首個MBR膜系統(tǒng)元件(污染)，或是最后一級（結(jié)垢）的末端膜元件都可提供有用信息:可以收集沉淀物或泥餅來分析是否需要選擇更合適的清洗藥劑,類似地，一個能夠測試和清洗多個元件的試驗裝置將能對清洗過程進行精調(diào)。